La exposición permanente del museo está dedicada a la Historia del edificio, a la figura de Antoni Gaudí y a la colección Fundos. Abarca tres plantas completas del edificio, con más 1500 m2 de superficie.
Planta Baja
Historia de la Casa Botines (1834-1996). Exposición didáctica sobre la historia del edificio y las familias que lo construyeron. Recreaciones de la tienda de tejidos de Simón Fernández y Mariano Andrés (1895) y de las oficinas de la Caja de Ahorros y Monte de Piedad de León (1929). Más información.
Planta primera
Biblioteca, exposiciones temporales, aula de formación, aula de educación DEAC
Planta segunda
Universo Gaudí. Exposición interactiva sobre Gaudí: su vida, su obra y su pensamiento.
Vivir en la época de Gaudí. Recreación de la vivienda de D. Mariano Andrés (vivienda del siglo XIX y mobiliario original de la Casa Botines).
Planta tercera
La colección FUNDOS: selección de casi doscientas obras de arte desde el siglo XV hasta el siglo XX, entre las que destacan las obras de Francisco de Goya, Joaquín Sorolla y Salvador Dalí.
Sotabanco y torreón
Torreón original de 1893.
A esta planta solo se puede acceder en la visita guiada.